Argument: Han passat 14 anys des del Tercer Impacte. Tot el personal original de NERV, a excepció del Gendo i el Fuyutsuki, ha començat una organització anomenada Will-E. El seu pretext públic és que busca restaurar l'oceà al seu color blau. No obstant això, la seva veritable missió és prevenir que el GendoIkari provoqui el Quart impacte. Per això utilitza la Fortalesa Voladora Wunder.